Šo tālu zemju kolonizācija tika panākta, pateicoties jezuītu misionāru grupas nelokāmai gribai un nenogurstošam darbam, kuri, zinot, ka iekarotāji nav spējuši pakļaut aborigēnus, nolēma viņiem nest evaņģēliju, tādējādi ar vārdu panākot to, ko kas nebija panākts ar ieročiem.
Tādējādi 17. gadsimta beigās saskaņā ar jezuīta Eusebio Kino entuziasma pilnu iniciatīvu, kurš ieguva Spānijas varas iestāžu atļauju uzsākt admirāļa Isidro Atondo y Antillón ekspedīciju, misionāri ieradās pie tā, kas toreiz tika uzskatīts par salu, evaņģelizēt tās nepieradinātos iedzīvotājus. Lai piešķirtu atļauju, vainags bija izvirzījis nosacījumu, ka iekarošana notiek Spānijas karaļa vārdā un ka misionāri paši iegūst resursus, lai veiktu šo saistību.
Pirmo misiju - Santa María de Loreto - 1697. gadā nodibināja tēvs Hosē Marija Salvatierra, kurš bija bijis Tarahumarā un kuru tēvs Kino ierosināja veikt lielo darbu. Santa Marija de Loreto vairāk nekā simts gadus bija Kalifornijas politiskā, ekonomiskā un reliģiskā galvaspilsēta.
Nākamo trīs ceturtdaļgadsimtu laikā misionāri nodibināja astoņpadsmit lielisku cietokšņu ķēdi, ko savienoja tā dēvētais "karaļa ceļš", ko viņi paši uzbūvēja, savienojot Los Cabos reģionu pussalas dienvidos līdz pašreizējai robežai ar mūsu kaimiņš uz ziemeļiem; Tas bija iespējams, jo misionāru vidū bija kapelāni ar zināšanām par būvniecību un hidrotehniku.
No šīm briesmīgajām konstrukcijām dažas izdzīvo ideālā stāvoklī, piemēram, San Ignacio, viena no skaistākajām un vislabāk saglabātajām, ko 1728. gadā uzcēla tēvs Huans Bautista Luyando; Sanfrancisko Havjera māja, kas dibināta 1699. gadā un kas sastāvēja no pazemīgās Adobe kapelas un priestera mājas, ko uzcēla Fray Francisco Maria Maria Piccolo; pašreizējo ēku 1774. gadā uzcēla tēvs Migels Barko, un tās skaistās arhitektūras dēļ tā tika uzskatīta par "Baja California Sur misiju dārgakmeni"; Santa Rosalía de Mulegé, kuru 1705. gadā izveidoja tēvs Huans Marija Basaldúa, 117 kilometrus uz ziemeļiem no Loreto, bija viena no labākajām vietām, jo tā tika uzcelta oāzē pie jūras.
Misijas apvienoja arhitektūras skaistumu un dekorācijas bagātību ar praktisku vidi, kas ļāva ap tām izveidot pastāvīgas apmetnes. Misionāri ne tikai evaņģelizēja aborigēnus, bet arī iemācīja tiem padarīt tuksnesi auglīgu ar palmu palmu palīdzību; viņi ieviesa mājlopus un kukurūzas, kviešu un cukurniedru audzēšanu; Viņiem izdevās panākt, lai zeme ražotu augļu kokus, piemēram, avokado un vīģes, un, lai ievērotu reliģiskos rituālus, kas prasīja vīnu un eļļu, viņi ieguva atļauju audzēt vīnogulāju un olīvkoku, kas bija aizliegts pārējā Jaunajā daļā. Spānijā, un pateicoties tam šodien reģionā tiek ražoti izcili vīni un olīveļļa. Un, ja ar to visu nepietika, viņi iepazīstināja arī ar pirmajiem rožu krūmiem, kas uzplauka šajās zemēs un kas šodien rotā visas pussalas parkus un dārzus.
