Ixtépete, svinīgā centra netālu no Gvadalaharas pilsētas Zapopanas pašvaldībā, arheoloģiskās atliekas un nesenie atklājumi par vairāk nekā divdesmit šahtu kapiem Atemajac ielejā ļauj secināt, ka klasiskajā periodā (200 BC-650 AD)
Neilgi pirms iekarošanas ieleju lielākoties apdzīvoja Kokasu un Tekjuksu grupas, kas pulcējās mazos ciematos, kas bija atkarīgi no Tonallanas valdīšanas, un kurus 1530. gadā Nuno Beltrāns de Guzmans iesniedza bez lielas pretestības.
Nākamā gada beigās Guzmán uzņēmās iekarojumu virzienā uz ziemeļiem, uzticot Huānam de Oņatem šķērsot Santjago upes gravu un, cik vien iespējams, taču ar piesardzību, neatklājot sevi, atrada Spānijas iedzīvotājus. Tā 1532. gada 5. janvārī Nochistlán apkārtnē, mūsdienu Zacatecas pilsētā, tika dibināta Gvadalahara.
Apdzīvotājiem nelabvēlīgi apstākļi izraisīja šīs pilsētas pārcelšanos uz Tonalá, taču uzturēšanās tur bija īslaicīga un neilgi pēc tam, kad spāņu apmetās netālu no Tlacotan, kur viņi palika līdz 1541. gadam. Kakasānu sacelšanās, kas labāk pazīstama kā Mixtón karš, kas Viņš nopietni apdraudēja Spānijas varu, viņš sasniedza Gvadalaharas nomali. Pēc sacelšanās, ko vicekaraļa Antonio de Mendozas vadītajā spēcīgajā armijā nodedzināja "uguns un asinis", pilsēta panāca mieru, bet palika bez vietējā darba, tāpēc, to meklējot, viņi nolēma pārvietot iedzīvotājus, atrodot atbilstošu Valle de Atemajac, kur pēdējais un galīgais pamats tika izveidots 1542. gada 14. februārī. Vēlāk tika apstiprināta ziņa, ka gandrīz trīs gadus iepriekš karalis tai piešķīra pilsētas pakāpi un privilēģijas.
1546. gadā pāvests Pāvils III izveidoja Nueva Galicijas bīskapiju un 1548. gadā tika izveidota tāda paša nosaukuma Audiencia; Sākotnēji abu jurisdikciju galvenā mītne bija Compostela, Tepic, līdz 1560. gadā tika pavēlēta tās maiņa uz Gvadalahāru, tādējādi padarot to par tās milzīgās teritorijas tiesu vadītāju, kuru toreiz sauca par Gvadalaharas Audiencia, Nueva Galicia Karalistes galvaspilsētu un tās mītni. no bīskapijas. Tā kā katra Spānijas pilsēta tika izvilkta kā šaha galds no San Fernando laukuma un, kā tas bija pieņemts, vietējie Meksicaltzingo, Analco un Mezquitán rajoni tika atstāti ārpus plāna. Evaņģelizācijas procesu uzsāka franciskāņi, tiem sekoja augustīnieši un jezuīti.
Pakāpeniski ar grūtībām un neveiksmēm, bet arī ar panākumiem Gvadalahara pieauga un nostiprinājās kā ekonomikas un varas centrs tik ļoti, ka 18. gadsimta vidū ievērojams skaits bagātu cilvēku no Gvadalaharas vēlējās, lai Nueva Galicia un Nueva Vizcaya integrētu pilnīgi ārzemju vietnieku. uz Jauno Spāniju - mērķis netika sasniegts, jo pie horizonta bija 1786. gada politiski administratīvās reformas, kas pārveidoja teritoriālo struktūru, sadalot visu vietnieku 12 pašvaldībās, no kurām viena bija Gvadalahara.
Kolonijas laikā, it īpaši 18. gadsimtā, ekonomiskais uzplaukums atstāja arhitektūras, kultūras un mākslas mantojumu, kura liecības joprojām saglabājas visā pilsētā.
Neatkarības atbalstītāji, kas darbojās visā Jaunās Spānijas teritorijā, iekļuva Jalisko, tāpēc, kad dažādās pašvaldības daļās izcēlās Neatkarības karš, notika sacelšanās.
1810. gada 26. novembrī Dons Migels Hididalgo, komandējot lielu armiju, iegāja Gvadalaharā, un viņu uzņēma Hosē Antonio Toress, kurš neilgi pirms tam bija ieņēmis pilsētu. Šeit Hidalgo izdeva dekrētu par verdzības, zīmogveida papīra un alkabalu atcelšanu un sponsorēja nemiernieku laikraksta El Despertador Americano drukāšanu.
1811. gada 17. janvārī nemiernieki tika sakauti uz Kalderonas tilta, un Kallejas rojālistu karaspēks atguva Gvadalahāru, uzņemoties komandu Hosē de la Krūzs, kurš kopā ar bīskapu Kabaņesu iznīcināja visus sacelšanās uzliesmojumus.
1821. gadā pasludināja neatkarību, tika izveidota brīva un suverēna Jalisco valsts, atstājot Gvadalahāru par valsts galvaspilsētu un varas vietu.
Nestabilitāte, kas valstī valdīja gandrīz visā deviņpadsmitajā gadsimtā, pastiprināja ārvalstu iebrukumi, apgrūtināja to, taču netraucēja valstij un it īpaši tās galvaspilsētai turpināt attīstību dažādās kārtās. Konkrēti piemēri: gadsimta otrajā ceturksnī Valsts zinātņu institūta izveide; Mākslas un amatniecības skolas, Botāniskā dārza, Ieslodzījuma vietas un Betlēmes Panteona celtniecība, kā arī pirmo rūpnīcu atvēršana.
Astoņdesmito gadu sākumā parādījās pilsētas dzīvnieku tramvaji, elektriskā gaisma tika uzstādīta 1884. gadā, 1888. gadā pienāca pirmais dzelzceļš Meksikā un Manzanillo dzelzceļš 1909. gadā. Deviņdesmitajos gados Dons Mariano Bárcena nodibināja Astronomijas observatoriju un Rūpniecības muzejs.
Revolūcijas laikā Gvadalaharā notika daži sacelšanās akti pret Díaz diktatūru, piemēram, strādnieku streiki un studentu protesti, un Madero pat tika uzņemts 1909. un 1910. gadā ar lielu līdzjūtības izpausmi. Tomēr pēc tam nebija karojošu notikumu. No otras puses, Gvadalaharas galvaspilsēta cieta sava veida stagnāciju, kas beidzās 1930. gadā, kad tika panākta vienošanās par Cristeros kara izjaukto mieru, sākot vēlmi pēc modernizācijas, kas vēl nav beigusies.
Skatīt arī koloniālās pilsētas: Gvadalahara, Jalisco
