Yaquis kristianizācija bija tas, kas ļāva reliģijai izplatīties 1609. gadā, iekļūstot Sonoras teritorijā.
Kolonijas laikā Sonora atbilda tikai Sierra Madre Occidental nogāzēm, kas ietvertas šīs vienības robežās. Reģions, kas skrēja uz ziemeļiem no Jaqui upes, ieskaitot Real de la Cieneguilla, tika saukts par Pimería Baja, un ziemeļu reģionu no tā Real līdz Kolorādo upei - jau pašreizējā Ziemeļamerikas štatā Arizonā - sauca par Pimería Alta.
Pašreizējā Sonorānas teritorija ietver arī nelielu reģionu dienvidrietumos no tā laika, kas toreiz bija pazīstams kā Pimerija, un tas atrodas Čivavas un Ostimuri štatā, vietā, kas atrodas Kalifornijas līča piekrastē, starp Mayo un Yaqui upēm.
1614. gadā misionāri Pérez de Rivas un Pedro Méndez kristianizēja maijus Ostimuri apkaimē, sadalot misiju trīs rajonos: Santa Cruz (pie Mayo grīvas), Navojoa un Tesia.
Tepahues kopā ar Cornicaris tika iekļauti 1620. gadā. Tēvs Migels Godínez nodibināja San Andrés de Cornicari un Asunción de Tepahui misijas . Tajā pašā gadā tika nodibināts San Ignacio rektorāts, kurā papildus piecām iepriekš minētajām misijām bija arī Bakūmas, Torīnas un Rahūnas misijas, kas atrodas pie Jaqui grīvas.
1617. gadā Yaquis pārveidoja vecāki Peress de Rivas un Tomás Basilio. Neskatoties uz ciešanām, nemieriem, mokām un slepkavībām, Sonoras atgriešanās bija ātrāka un drošāka. Līdz 17. gadsimtam jezuīti paplašināja un nodibināja Mekobas un Jekoras misiju tās dienvidrietumu daļā, ko viņi zināja kā Chínipas.
Misijas no Jaqui upes uz ziemeļiem tika sadalītas četrās rektorātos: San Borja grupēja misijas: Cucumaripa un Tecoripa , dibināta 1619. gadā; Movas un Onovas, 1622. gadā; Sahuaripa 1627. gadā; Matape 1629. gadā; Onapa 1677. gadā un Ariveči , Japānas trīs svēto mocekļu rektorāts, kurā ietilpa 1627. gadā dibinātais Batuko, 1640. gadā Oposura un Bacadeguachi. , Guazavas , Santa Marija Baceraca un San Miguel Bavispe , dibināts 1645. gadā. San Javier rektorāts, kas integrēja Ures misijas 1636. gadā; Akonči, Opodepe un Banamiči 1639. gadā; Kukurs un Arizpe 1648. gadā, un Kukariāra 1655.
1687. gadā misionārs Eusebio Fransisko Kino ienāca Pimería Alta un sāka Nuestra Señora de los Dolores rektorāta misijas, dibinot: Caborca, kurai tika piešķirts Francisco Javier Saeta, kurš uztur korespondenci ar savu garīgo atbalstu, tēvs Kino; Atils, Tubutama, Sāpju Dievmāte no Sariča, Pitikito, Aīla, Okitoa, Magdalēnas, San Ignacio, Kokosperas un Imura.
Pēc jezuītu izraidīšanas misijas tika atstātas franciskāņu ziņā, kuri vairs neko nebūvēja un aprobežojās tikai ar mēģinājumiem saglabāt esošos. Kad jezuīti jau bija nodibinājuši apmetnes Sinaloā un Sonorā, viņi pievērsa acis Kalifornijas teritorijai.
